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2023-03-30 18:54:01 -03:00
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commit 21ef10e409

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@@ -1,16 +1,42 @@
# CrystalPol
## Arquivo de Configuração - config.yml
## Arquivo de Configuração - **config.yml**
### No arquivo de Configuração teremos as sequintes keywords:
No arquivo de Configuração temos as sequintes keywords:
- nprocs
- mem
- level
- pop = chelpg
- mult = 0 1
- natoms = N
```yaml
crystal_pol:
mem: *obrigatorio*
level: *obrigatorio*
n_atoms: *obrigatorio*
n_procs: 1
pop: "chelpg"
mult: [ 0, 1 ]
charge_tolerance: 0.02
simulation_dir: "simfiles"
comment: "Crystal"
```
### Teremos um arquivo de entrada crystal.xyz onde ser retirada as moléculas do cristal;
Estas keywords são utilizadas para controlar o comportamento do programa CrystalPol e de sua dependência Gaussian.
### Os arquivos do gaussian ficarão em um diretório `simfiles` e serão enumerados com o padrão `crystal-00.gjf`
## Arquivo de input - **crystal.xyz**
O arquivo de input deve ter o formato
```
H 1.0000 1.0000 1.0000
```
Sendo que as primeiras **N** (valor derivado da keyword _**n_atoms**_) átomos devem ser da molécula da celula unitária a ser otimizada.
Este arquivo pode ser obtido também retirando o header de um arquivo .gjf e o renomeando para .xyz
## Como executar
```bash
python3 -m crystalpol -c {arquivo_de_config}.yml -i {arquivo_de_input}.xyz -o {arquivo_de_saida}.log
```
Caso as opções `-c`, `-i` e `-o` não seja dadas os seguintes valores padrões serão usados:
- arquivo_de_config: `config.yml`
- arquivo_de_input: `crystal.xyz`
- arquivo_de_saida: `run.log`