48 lines
1.2 KiB
Markdown
48 lines
1.2 KiB
Markdown
# CrystalPol
|
|
|
|
## Arquivo de Configuração - **config.yml**
|
|
|
|
No arquivo de Configuração temos as sequintes keywords:
|
|
|
|
```yaml
|
|
crystal_pol:
|
|
mem: *obrigatorio*
|
|
level: *obrigatorio*
|
|
n_atoms: *obrigatorio*
|
|
n_procs: 1
|
|
pop: "chelpg"
|
|
mult: [ 0, 1 ]
|
|
charge_tolerance: 0.02
|
|
simulation_dir: "simfiles"
|
|
comment: "Crystal"
|
|
```
|
|
|
|
Estas keywords são utilizadas para controlar o comportamento do programa CrystalPol e de sua dependência Gaussian.
|
|
|
|
## Arquivo de input - **crystal.xyz**
|
|
|
|
O arquivo de input deve ter o formato
|
|
|
|
```
|
|
H 1.0000 1.0000 1.0000
|
|
```
|
|
Sendo que as primeiras **N** (valor derivado da keyword _**n_atoms**_) átomos devem ser da molécula da celula unitária a ser otimizada.
|
|
|
|
Este arquivo pode ser obtido também retirando o header de um arquivo .gjf e o renomeando para .xyz
|
|
|
|
## Instalando dependência
|
|
|
|
```bash
|
|
python3 -m pip install setproctitle pyyaml nptyping numpy
|
|
```
|
|
|
|
## Como executar
|
|
|
|
```bash
|
|
python3 -m crystalpol -c {arquivo_de_config}.yml -i {arquivo_de_input}.xyz -o {arquivo_de_saida}.log
|
|
```
|
|
Caso as opções `-c`, `-i` e `-o` não seja dadas os seguintes valores padrões serão usados:
|
|
|
|
- arquivo_de_config: `config.yml`
|
|
- arquivo_de_input: `crystal.xyz`
|
|
- arquivo_de_saida: `run.log` |